Im Gegensatz zum Weißstorch ist der Schwarzstorch ein scheuer Einzelgänger, der in waldreichen Gebieten brütet und entlang von Bachläufen und Kleingewässern nach Nahrung sucht. Auf einer Baumkrone oder einem Felsen errichtet er den Horst und lässt seine heiseren, keuchenden Balzlaute erklingen, während der „Klapperstorch“ auf einem Schornstein brütet.
Der Schwarzstorch ist ein Zugvogel, der allerdings nicht so weit im Süden überwintert wie der Weißstorch, sondern eher im nördlichen Afrika in der Sahelzone. Im 18./19. Jh. war er in Mitteleuropa ein seltener Brutvogel, danach beschränkte sich sein Vorkommen auf die Wälder Ost-Europas. Mitte des 20. Jh. setzte die Ausbreitung von Osten nach Westen ein, sodass der Schwarzstorch vereinzelt wieder in den Ostalpen brütet. Die Nachzucht des Alpenzoo wird in Auswilderungsprojekten eingesetzt.